El emperador Shoshin en 1477, durante la segunda Dinastía Sho, temeroso de las rebeliones de la población por los abusos cometidos, prohibió el uso de las armas de corte y punción convencionales como: espadas, arcos, lanzas y otras en la isla de Okinawa e islotes vecinos del archipielago Ryukyu. Todas las armas fueron incautadas en su castillo real de Shuri, Okinawa. Como resultado directo del decreto de Shoshin y ante la necesidad de defenderse contra oponentes armados, los okinawenses se volvieron a la búsqueda y practica de modos alternativos de lucha. Acudieron a primitivas formas de combate con manos desnudas y a convertir en contundente armas cualquier instrumento de uso cotidiano o herramienta agrícola. Es importante acotar que estas ingeniosas adaptaciones se hicieron con fines puramente defensivos.

En 1600 los japoneses invadieron y ocuparon Okinawa continuando con la prohibición de las armas como un método para controlar la población. Por consiguiente sólo a los samurai japoneses les fue permitido poseer y llevar armas.

Es posible que la necesidad que originó la aparición del Karate y el Kobudo, aunque independientes, haya determinado que ambas disciplinas se relacionaran tan estrechamente en su desarrollo y evolución.

Con el paso del tiempo las maquinarias modernas de guerra reemplazaron la mayoría de los instrumentos tradicionales del kobudo, sin embargo ellos siguen siendo una parte íntegra de kobujutsu. Hasta el siglo XX, el Kobujutsu no era enseñado ni practicado en la isla como un arte marcial. Cada instrumento era practicado en secreto por diferentes pueblos. Un poblado agrícola podía usar preferentemente el tonfa mientras que un grupo de pescadores tendría más dominio del eku. Y cada uno guardaba sus técnicas en secreto.